Ostatci ranokršćanske bazilike sv. Tome nalaze se zapadno od romaničke benediktinske crkve sv. Krševana. Mijenjajući titulare (nazivala se još Sv. Silvestar i Sv. Križ) ona je bila u funkciji do 1807. godine. Radi gradnje školske zgrade porušena je velikim dijelom godine 1822. Bombardiranjem u II. svjetskom ratu škola je teško oštećena, pa je odlučeno da se na njezinu mjestu sagradi nova zgrada. Prije početka izgradnje zgrade (1969.) pristupilo se istraživanjima crkvenog prostora. Ta su istraživanja omogućila gotovo cjelovito upoznavanje ranokršćanskog izgleda crkve. Ranokršćanska bazilika sv. Tome bila je dužine oko 25,50 m i širine oko 15 m. Dvije kolonade dijelile su prostor u tri lađe. Na istočnom dijelu crkve bila je apsida, istaknuta u prostoru, unutrašnje širine 6,90 m i dubine oko 6 m. Na pročelju su sačuvana bočna vrata prema sjevernoj lađi, a na začelju ostatci vrata u dnu obiju bočnih lađa, izlazi prema pastoforijama koje su vjerojatno postojale na crkvi. Na južnom uzdužnom zidu su također dva bočna ulaza, a pretpostavlja se da su takvi ulazi bili i na sjevernoj strani crkve. Na gornjem dijelu uzdužnih zidova nalazio se red od pet bifora, od kojih je dio na južnoj strani crkve izvorno sačuvan. Po sredini svake bifore stoji stupić s impostom na koji se oslanjaju lukovi. Osim nekoliko stupića s fino ukrašenim kapitelima i impostima od ukrasnih dijelova arhitekture i kamenoga crkvenog namještaja pronađena su dva veća ulomka pluteja ukrašena osmerokutima s rozetama i križevima, te ulomak s križem uzidan u kasniji gotički portal.” Na temelju osobitosti arhitekture bazilika sv. Tome datira se u 5. st. (A. Uglešić, Ranokršćanska arhitektura na području današnje zadarske nadbiskupije, Zadar 2002., str. 18-21).
