Župa vuče svoje korijene uz istoimenu srednovjekovnu crkvicu koja se nalazila izvan gradskih zidina, podignuta u drugoj polovici 14. st., matična je kuća zadarskih franjevaca – trećoredaca. Spominje se već godine 1312., a pokraj te crkvice živjeli su fratri eremiti trećega reda sv. Frane, koji su se brinuli za okužene bolesnike u obližnjem hospiciju. Početkom 15. stoljeća pokraj crkvice redovnici su podigli i samostan. Zbog turske najezde gradske su vlasti naredile rušenje svih postojećih objekata, pa tako je i porušen samostan sv. Ivana godine 1536., a crkvica dosta oštećena. U kasnijim stoljećima crkvica je u više navrata popravljana, a u drugoj polovici 19. st. i produžena. Stara župna crkva, potječe iz 16 st. Podignuta je na ostatcima stare crkve sv. Ivana, pa ju je narod zvao Sv. Ivan (san Giovanino). Ostatvi te stare bazilike istraženi su 1995. godine. Otkriveni su skromni ostatci: imala je tri lađe, apsidu s podom ukrašenim mozaikom. Nastanak joj se može vezati uz 5. st. U njoj su za vrijeme turskih najezdi g. 1649. službu Božju obavljali kaluđeri manastira sv. Arhanđela. Od 1902. nju su preuzeli franjevci trećoredci i uz pomoć vjernika i tadašnjih državnih vlasti obnovili je i ukrasili trima mramornim oltarima. U crkvi je sada oltar prema puku drveni sa svetohraništem na pokrajnjem oltaru, na drugom oltaru kip Bogorodice; škropionica – postolje je ostatak stupa iz starokršćanske bazilike koja se nalazila na tom mjestu. Bazilika je otkrivena pri obnovi crkve. Izvorna stara crkva sv. Ivana bila je sagrađena u prezbiteriju bazilike. Kroz povijest je produžena tri puta. Sadašnji oblik crkve je izvorna srednjovjekovna, polukružna apsida rekonstruirana je 1996. Ima preslicu s dva mala zvona.
(Fotografija iz: A. Uglešić, Ranokršćanska arhitektura na području današnje zadarske nadbiskupije, Zadar 2002., str. 30)